Gombafajok DNS alapú azonosítása

Az Amerikai Tudományos Akadémia folyóirata, a Proceedings of National Academy of Sciences (PNAS) április 17-i száma címlapfotója a nemzetközi „Fungal Barcoding Consortium” közleményére hívja fel a figyelmet. A cikk szerzői között vannak a SZTE TTIK Mikrobiológiai Tanszék kutatói is.

A nemzetközi összefogással megvalósult kutatásban, melynek célja a gombafajok azonosítására általánosan, mintegy „vonalkódként” használható DNS szakaszok meghatározása volt, Magyarországról a SZTE TTIK Mikrobiológiai Tanszék öt (

Nagy László, Nyilasi Ildikó, Papp Tamás, Petkovits Tamás

és

Vágvölgyi Csaba

), valamint az ELTE TTK Biológiai Intézet Növényszervezettani Tanszék két kutatója (

Kovács M. Gábor

és

Knapp G. Dániel

) vett részt. A kutatás jelentőségét átfogó volta adja. A valódi gombákat szinte teljesen felölelő vizsgálat számos gén, illetve lókusz (az egyes gének fizikai helye a kromoszómán) összehasonlításával a gombák univerzális vonalkódjaként a sejtmagi riboszómális RNS-t kódoló komplex ITS régióját jelölte meg. A szegedi kutatók két nagyobb gombacsoport, az Agricales és a Mucoromycotina elemzésében vettek részt. A kutatócsoport az utóbbi időben több jelentős eredményt ért el a molekuláris filogenetika és evolúció területén. Elsőként írtak le robbanásszerű adaptív radiációt (fajképződést) gombákban (Nagy és mtsai., 2012), melyet a hasonlóan rangos Systematic Biology folyóiratban közöltek. Egy nemrég lezárt, az OTKA és a német DFG kutatási alap által is támogatott nemzetközi együttműködés keretében elvégezték a Mucoromycotina egyik legnagyobb csoportjának átfogó filogenetikai elemzését (Petkovits és mtsai., 2011). A létrehozott adatsorok általános érvényű biológiai kérdések tanulmányozását is lehetővé tették, pl. a létező, de még le nem írt fajok számának becslésére vonatkozóan (Nagy és mtsai., 2011).

További információk:

Dr. Papp Tamás egyetemi docens (SZTE TTIK Mikrobiológiai Tanszék) E-mail:

pappt@bio.u-szeged.hu

Kapcsolódó publikációk:

Nagy GL

, Házi J, Szappanos B,

Kocsubé S

, Bálint B, Rákhely G,

Vágvölgyi Cs, Papp T

(2012) The evolution of defense mechanisms correlate with the explosive diversification of Coprinellus mushrooms (Agaricales, Fungi).

Syst. Biol

. doi: 10.1093/sysbio/sys002

IF: 9.532

Nagy GL, Petkovits T

, Kovács MG,

Voigt K

,

Vágvölgyi Cs, Papp T

(2011) Where is the unseen fungal diversity hidden? A study of Mortierella reveals a large contribution of reference collections to the identification of fungal environmental sequences.

New Phytologist

191, 789-794

IF: 6.516http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1469-8137.2011.03707.x/abstract

Petkovits T, Nagy GL, Hoffmann K, Wagner L

, Nyilasi I, Griebel T, Schnabelrauch D, Vogel H,

Voigt K, Vagvolgyi Cs, Papp T

(2011) Data partitions, Bayesian analysis and phylogeny of the zygomycetous fungal family Mortierellaceae, inferred from nuclear ribosomal DNA sequences.

PLoS One

6(11): e27507.

IF: 4.411